Спустя 200 лет со дня гибели лейтенанта Рипли военные ученые в погоне за созданием совершенного оружия возвращают её к жизни методом клонирования. После 7 неудачных попыток им это удается и они извлекают из клона матку Чужих. Действие происходит на огромном космическом исследовательском корабле «Аурига», принадлежащем военным. Клона Рипли решено оставить в живых. За короткий период времени Рипли (№ 8) демонстрирует великолепную обучаемость и некоторые способности, позаимствованные у развивавшегося в ее теле зародыша Чужих, в частности, кислотную кровь, мгновенную реакцию и физическую силу.

Матка быстро развивается под контролем учёных и вскоре начинает откладывать яйца. К этому времени космические пираты, наёмники, доставляют «груз» — захваченную и усыпленную команду грузового корабля. Учёные используют членов команды как инкубаторы для зародышей Чужих. Наёмники задерживаются для отдыха на исследовательской базе на пару дней.

За это время из заражённых людей появляются особи Чужих-трутней. Один из членов пиратской команды, девушка Колл, пытается найти Рипли и уничтожить её и зародыша матки. Ей это не удается и военные обнаруживают её деятельность, объявляя Колл террористкой. Происходит вооруженное столкновение между пиратами и военными, пираты одерживают победу, захватывая одного из солдат и ученого, руководителя проекта клонирования. Во время перестрелки Чужие в одной из клеток находят способ выбраться из своих клеток и сбегают. Объявляется эвакуация.

После эвакуации военных пираты намереваются также покинуть исследовательскую базу и пытаются добраться до своего корабля «Бетти». По пути они встречают Рипли. Как выясняется, база при непредвиденных обстоятельствах автоматически отправляется домой — на Землю. По пути на «Бетти» группа находит оставшегося в живых члена команды, захваченной пиратами, внутри которого находится зародыш и принимается решение взять его с собой. Далее, Рипли случайно обнаруживает лабораторию, где находятся результаты семи предыдущих неудачных попыток её клонировать и уничтожает их.
Вайнона Райдер в роли Колл

Через некоторое время захваченный военный ученый доктор Рэн обманным путем получает оружие Колл, стреляет в неё и пытается добраться первым до пиратского корабля. Колл выживает и выясняется, что она — андроид последнего поколения. С ее помощью Рипли хочет уничтожить базу, чтобы не допустить попадания особей Чужих на Землю. Колл напрямую подключается к главному компьютеру базы и меняет координаты земной поверхности с целью разбить корабль о поверхность Земли. Группа продолжает двигаться к «Бетти».

Рипли захватывают Чужие и переносят её в камеру с маткой. Выясняется, что матка переняла у ДНК Рипли способность рожать, как человек. На свет появляется чудовище, отдалённо напоминающее человека. Чудовище убивает матку, принимая Рипли за собственную мать. Рипли спасается бегством. В последний момент она успевает на «Бетти», но, как выясняется, монстр также попадает на корабль. Рипли, пользуясь доверием монстра, намеренно ранит свою руку о зубы «младенца», брызгает кровью-кислотой на иллюминатор, в образовавшуюся дыру засасывает монстра и он погибает. Оставшиеся в живых прилетают на Землю на «Бетти».